Mais d'autres religions sont reconnues — officiellement, du moins —, à commencer par l'islam sunnite (majoritaire chez les Kurdes et les Baloutches), le christianisme (assyrien ou arménien), le judaïsme et le zoroastrisme : les fidèles de ces religions forment quatre minorités qui totalisent moins de 2 % de la population et disposent chacune d'un député au Parlement.

Les autres croyances, comme le bahaïsme, qui a été fondé en Iran au XIXe siècle et s'y est bien développé, sont en revanche interdites et férocement réprimées.

Le clergé chiite perçoit des fidèles les impôts religieux, khoms et zakat, et régente la vie du pays.

Chaque ville ou chaque région possède ainsi un ou plusieurs ayatollahs («signe de Dieu»), qui disposent d'un pouvoir moral, religieux et financier indépendant de celui de l'État ; ils gèrent les écoles religieuses, presque toutes concentrées à Qom depuis 1925 et dirigées par les grands ayatollahs, et les innombrables biens de mainmorte (waqf), dont celui du tombeau de l'imam Riza (huitième imam des chiites, mort en 818) à Mechhed : cette ville est l'un des plus grands centres de pèlerinage du monde musulman, son waqf comprend des centaines de milliers d'hectares de terres, des usines, des hôpitaux, des écoles, des bibliothèques.

Contrairement aux pays à majorité sunnite, l'islam est peu visible dans la vie sociale et le paysage quotidien en Iran : hormis les grandes prières organisées le vendredi depuis 1979 par le gouvernement, la religion est surtout pratiquée dans le cadre familial ou dans des cercles (dowreh) réunissant des amis ou des adeptes de groupes mystiques qui jouent depuis des siècles un rôle considérable en Iran (confréries Nehmatollahi, Sheykhi, Ahl-e Haqq).

La vénération des douze imams qui sont à la base du chiisme est l'occasion de cérémonies populaires comme les processions de flagellants, et surtout le théâtre religieux (tazieh) le jour de l'Achoura (mort à Karbala, en 680, de l'imam Husayn).

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